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Le microbiote est l’ensemble des microorganismes non pathogènes constitué de virus, champignons, bactéries et parasites. Son rôle s’éclaircit de jour en jour et un nombre important de fonctions sont à ce jour inconnues.

Il existe autant de microbiotes que d’environnements c’est pourquoi il est communément dit qu’il existe un microbiote buccal, intestinal, vaginal, cutané, pulmonaire, etc. Nous axons cet article sur la flore intestinale.

Composition du microbiote

Au niveau intestinal, la population est comprise entre 1012 à 1014 microorganismes. Le microbiote est spécifique à chaque individu. Cependant, sur les 160 espèces recensées par l’INRA, 80 sont retrouvées d’un individu à l’autre. L’hypothèse faite par l’INRA est la suivante : sur ces 80 espèces partagées, seules 15 à 20 espèces seraient en charge des fonctions essentielles.

Qu’en déduire ?

Notre microbiote est d’une richesse importante, cependant quelques espèces concourent aux fonctions dites essentielles. Il peut donc être intéressant d’étudier le microbiote via des examens de selles pour déterminer notre population bactérienne. Ce test peut nous renseigner à la fois sur notre entérotype (flore majoritaire) et expliquer notre appétence et notre capacité de digestion pour certains aliments d’une part. D’autre part, il sert aussi à déterminer des déséquilibres potentiels.
Ces déséquilibres auront des effets autant sur la digestion, la qualité de la muqueuse, la métabolisation des aliments, la gestion des graisses, la sphère émotionnelle et l’immunité.

composition-microbiote-lorica


Action immunitaire

Le microbiote, par sa présence induit une résistance à la colonisation. Sa diversité limite le développement de déséquilibres. C’est pourquoi suite à une prise d’antibiotique, il est intéressant d’augmenter le nombre de bactéries en apportant des complexes de pro-biotique ou symbiotique afin de coloniser à nouveau l’intestin avec des bactéries choisies pour leurs bienfaits.
Parce que les acides biliaires produits par le foie sont transformés par le microbiote, le microbiote régule l’inflammation dans l’intestin. En effet, ces acides inhibent l’activité de la voie NK-kB (voie favorisant l’inflammation) dans les macrophages.
Lors d’une inflammation de bas grade et/ou d’une inflammation digestive, il sera particulièrement intéressant d’optimiser l’alimentation en apportant 3/4 de légumes et de fruits puisque les fibres seront fermentées par les bactéries, produisant ainsi des acides gras à chaînes courtes (AGCC). Ces AGCC permettent la différenciation des lymphocytes T en Treg, leur accumulation ainsi que la régulation négative de la production de cytokines pro-inflammatoires. Par conséquent les fibres réduisent l’inflammation.
Dans le cadre d’une réforme, il sera bon d’amener des légumes crus si l’intestin le tolère. Si l’inflammation et le déséquilibre microbien sont trop important, les légumes décrudis, la cuisson douce sera à privilégier.
L’absence d’inflammation permettra de métaboliser de manière équilibrée le tryptophane à travers trois voies. Celle de la sérotonine, de la kynurénine ou des indoles et ses dérivés. Un déséquilibre inflammatoire induira une hyperactivité de la voie des kynurénines, renforçant ainsi l’inflammation locale.

Conclusion

Pour résumer, le microbiote a une action immunitaire autant à travers sa présence physique que par le métabolisme qu’il génère et l’inflammation qu’il régule. Dans toutes les pathologies inflammatoires, il sera nécessaire de vérifier la qualité du microbiote. Cette vérification se fait au travers de l’anamnèse (fréquence des selles, leur consistance, leur forme, leur couleur, leur odeur, qualité de la digestion, fatigue post-prandiale, présence de ballonnement, de reflux gastro-oesophagien, douleur abdominale) et d’un examen de selles si besoin.
Si le déséquilibre est avéré, il sera indispensable de procéder en deux phases : la première consiste en le nettoyage du microbiote par des plantes, des huiles essentielles. La deuxième phase s’articule autour du ré-ensemencement. Le tout repose à la fois sur une alimentation adaptée à la personne et une gestion du stress pour induire un changement durable.

 

Justine NOIZET, Naturopathe OMNES - Expert en ingénierie des Biotechnologies

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